HACCP体系的审核过程通常分为两个阶段，阶段是进行文件审核，包括SSOP计划、GMP程序、员工培训计划、设备保养计划、HACCP计划等。这一阶段的评审一般需要在申请方的现场进行，以便审核组收集更多的必要信息。审核组根据收集的信息资料将进行的危害分析，在此基础上同申请方达成关键控制点（CCP）判定眼光的一致。审核小组将听取申请方有关信息的反馈，并与申请方就第二阶段的审核细节达成一致。第二阶段审核必须在审核方的现场进行。审核组将主要评价HACCP体系、GMP或SSOP的适宜性、符合性、有效性。其中会对CCP的、纠正措施、验证、人员的培训教育，以及在新的危害产生时体系是否能自觉地进行危害分析并有效控制等方面给予特别的注意。
实施HACCP体系有以下优越性：
1、强调识别并预防食品污染的风险，克服食品安全控制方面传统方法（通过检测，而不是预防食物安全问题）的限制；
2、有完整的科学依据；
3、由于保存了公司符合食品安全法的长时间记录，而不是在某的符合程度，使部门的调查员效率更高，结果更有效，有助于法规方面的人士开展调查工作；
4、使可能的、合理的潜在危害得到识别，即使以前未经历过类似的失效问题。因而，对新操作工有的用处；
5、有更充分的允许变化的弹性。例如，在设备设计方面的改进，在与产品相关的加工程序和技术开发方面的提高等；
6、与质量管理体系更能协调一致；
7、有助于提高食品企业在全球市场上的竞争力，提高食品安全的信誉度，促进贸易发展。
HACCP认证周期3个月，审核阶段分一阶段二阶段，体系建立的先要确定企业认证范围，是否符合要求，生产型企业需要提供相应生产许可证，餐饮企业需要提供餐饮经营许可证或者食品流通许可证。
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在HACCP中，有七条原则作为体系的实施基础，它们分别是
1、实施危害分析；
2、测定关键控制点（CCPs），一项CCP就是一个在关键点上控制得到实施的步骤。在预防或消除食品安全风险或将其降至一个可接受的水平方面，具有重要意义；
3、确定关键限制因素（一个关键因素可以满足一个CCP准则）；
4、 建立CCPs的体系；
5、当监测表明某项CCP失控，采取可操作的纠正措施；
6、建立确保HACCP体系有效运作的确认程序；
7、建立涉及所有程序和针对这些原则的实施记录，并文件化。
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